Un confinement dynamique des nanoparticules est assuré par une ventilation dont l'extraction peut être dirigée vers le haut ou vers le bas suivant les cas. L'exposition de l'opérateur est ainsi minimisée si l'extraction fonctionne et à condition qu'elle soit bien dimensionnée. Par ailleurs, les rejets gazeux sont filtrés pour protéger l'environnement. La maintenance du filtre en aval est à effectuer en respectant les règles de gestion de déchets.
Lors d'une panne d'extraction, les nanoparticules se dispersent dans un certain périmètre limite et ont tendance à s’agglomérer. Les agrégats plus lourds peuvent se déposer. Des fuites sont à envisager en fonction des mouvements d'air ambiant. Des détecteurs de fuites sont en cours d'élaboration. En cas de dysfonctionnement de la ventilation, une alarme devra permettre l'évacuation du personnel.
Le surdimensionnement de la pression d'extraction est aussi un événement pouvant être à l'origine d'une fuite de nanoparticules. Cette fuite est alors permanente et le plus souvent invisible. Le calcul des pressions d'extraction fera donc l'objet d'une attention particulière. Des détecteurs de fuite pourront par la suite alerter les opérateurs.