En fonction de la taille des particules, la localisation et le pourcentage de dépôt des particules fluctuent.
Les très petites particules (1 nm) ne se déposent pas en région alvéolaire mais sont stoppées dans les voies aériennes supérieures. C'est autour de 20 nm que la fraction alvéolaire déposée est la plus importante. La localisation du dépôt conditionne le devenir des nanoparticules dans l'organisme.