Les principaux facteurs qui déterminent les effets toxiques des nanoparticules sur l'organisme sont liés :
- aux nanoparticules: caractéristiques physico-chimiques, composition chimique, méthodes de fabrication et traitements de surface,
- à l'exposition: les quantités de nanoparticules en contact avec l'organisme, les voies de pénétration, la fréquence et la durée de l'exposition,
- à l'organisme exposé: susceptibilité individuelle, activité physique, évolution des nano-objets après pénétration, sites de dépôt.